Caractérisation des ressources génétiques caprines du Burkina Faso a l’aide d’indices morpho-biométriques et de marqueurs moléculaires

Abstract

La population caprine du Burkina Faso est estimée à plus de 10 000 000 de têtes avec un taux de croît annuel de 3%. Sur la base de critères morphologique et géographique, cette population a été scindée en 3 types génétiques majeurs : le type Sahélien dans la zone sahélienne, le type Mossi dans la zone soudano-sahélienne et le type Djallonké dans la zone soudanienne. Les études de caractérisation génétique menées jusque-là sur ces espèces sont peu documentées et se résument en des descriptions phanéroptique et morphologique utilisant des données corporelles brutes, ce qui ne permet pas une meilleure connaissance et une meilleure exploitation des races. Ce travail a été mené dans le but de i) décrire les races locales caprines du pays sur le plan morpho-biométrique, ii) de déterminer la structure génétique des populations locales, iii) d’évaluer la diversité et la singularité génétiques au sein et entre les types génétiques et iv) d’analyser les relations phylogénétiques et le flux de gènes entre les différents types génétiques. Les enquêtes morpho-biométriques ont été menées sur 10 147 femelles adultes en utilisant 7 paramètres quantitatifs et 12 paramètres qualitatifs. L’étude du polymorphisme de 27 marqueurs microsatellites pour la détermination de la variabilité et des relations phylogénétiques entre les 3 races a porté sur 133 individus appartenant aux 3 races et 66 individus appartenant à 2 races espagnoles utilisées comme groupe de référence. Quant à l’étude de la variabilité de la séquence de l’ADNmt, nous avons utilisé 51 individus appartenant aux 3 races du Burkina Faso, 10 individus du Cameroun, 30 appartenant à 2 sous-populations de la race Espagnole Bermeya, 5 individus de la race Guadarrama, 12 du Nigéria et 5 du Sénégal. L’analyse morpho-biométrique des traits quantitatifs montre des valeurs moyennes corporelles plus élevées chez les races Sahéliennes. Au niveau qualitatif, les races sont principalement Noir-blancs (61,92%) avec un cornage de type “Spanish Ibex” (84,05%). La barbiche et les pampilles sont absentes dans 75,33% et 70,72% des cas respectivement. La distance biométrique de Mahalanobis montre des différences significatives entre les races Sahéliennes et Soudaniennes (7,50) tandis que les races Soudano-sahéliennes et Soudaniennes sont plus proches (1,15). Avec l’analyse des loci microsatellites, 290 allèles chez les 205 animaux analysés ont été détectés avec une moyenne de 10,8 allèles par locus. Des taux d’hétérozygotie théorique de 0,512, 0,571 et 0,575 ont été obtenus pour les races Djallonké, Sahélien et Mossi, respectivement. Les 3 races caprines du Burkina Faso possèdent une grande identité génétique surtout dans la race Djallonké (fii = 0,497±0,010) et un taux de consanguinité élevé dans la race Mossi (FIS=0,107±0,028). L’étude de la variation de la séquence de l’ADNmt a permis de classer les races locales du Burkina Faso au cluster A avec une grande variabilité haplotypique. Cette étude a permis de fournir une base génétique à la classification classique des types génétiques du Burkina. Les informations rapportées dans ce travail serviront de base pour l’élaboration de stratégies durables de conservation et de sélection au sein des races locales caprines du Burkina Faso.