Diversité génétique du VIH-1 au Niger : étude des variants des groupes M et O

Abstract

Les variants génétiques du VIH-I sont classés en groupes, sous-types, sous-sous types, CFRs et recombinants uniques. Le but de ce travail était documenter cette diversité génétique du VIH-I au Niger. Pour les variants du groupe M, après séquençage et analyse phylogénétique des régions env(V3V5) et gag(p24) de 110 souches provenant de patients en majorité symptomatiques, nous avons observé : -la circulation de 14 variants (env/gag) différents : CRF02_AG (54,3%) • CRF06_cpx (18,1%), CRF06/CRF02 (8,2%), NCRF02 (5,3%), G (4,4%), N A (1,7%), CRF02/A (1,7%), A2/A2 (0,9%), NG(0,9%), G/A (0,9%), GIB0 (0,9%), G/CRF02(0,9%), CRF02/CRF06(0,9%), CRF02/B-D(0,9%). -la prédominance des CRF02_AG et CRF06_cpx aussi bien en 1997 qu'en 2000, -l'émergence de recombinants inter-CRFs complexes et de différents profils confirmés par une étude génomique complète de trois souches. Pour les variants du groupe 0, l'étude sérologique rétrospective de 2619 échantillons nous a montré que ces virus sont retrouvés dans 0,3% des sérums VIH positifs, et qu'ils circulaient déjà en 1990. L'étude moléculaire d' une des cinq souches détectées a pu se faire au niveau d'une région correspondant à un domaine immunodominant de la glycoprotéine transmembranaire gp41.