Contribution à l’amélioration de la qualité du diagnostic de la tuberculose pulmonaire au Burkina Faso par la technique de la culture sur milieu de Lowenstein-Jensen : Etude des facteurs influençants les contaminations des cultures

Abstract

La tuberculose (TB) est l’une des dix premières causes de mortalité dans le monde, la première cause de mortalité due à un agent infectieux unique et 1/3 de la population mondiale en est infecté. Elle existe sous plusieurs formes anatomiques et cliniques dont la plus fréquente et la plus contagieuse est la forme pulmonaire qui représente plus de 80% des cas de TB. Malgré l’évolution des méthodes de diagnostic par culture, depuis celle de Petroff en 1915 à nos jours, le diagnostic par la culture des expectorations demeure entravé par des taux élevés de contaminations aux nombreuses conséquences en santé publique particulièrement au Burkina-Faso. Cette technique de diagnostic requiert une étape de décontamination visant à éliminer la flore commensale tout en préservant les mycobactéries. L’efficacité de la décontamination peut être influencée par des facteurs analytiques et pré analytiques qui ont fait l’objet d’études au cours de cette thèse, et dont le but est d’améliorer la qualité du diagnostic afin de contribuer au contrôle de la tuberculose voir à son éradication à terme. Dans un premier temps, nous avons analysé l’impact des facteurs température et durée de conservation des expectorations avant leur mise en culture sur la contamination des cultures des mycobactéries. Nous avons montré que la non-application des recommandations concernant ces facteurs contribuait à l’augmentation des contaminations de cultures. C’est principalement la conservation à température ambiante des expectorations, qui est le facteur associé le plus à la contamination, comparativement à la durée de conservation. Il apparait aussi que même le suivi de ces recommandations ne permet pas d’aboutir à des taux de contaminations proches des seuils acceptables, suggérant ainsi l’implication d’autres facteurs. Dans un second temps, nous avons évalué l’effet de la réduction en amont de la charge microbienne buccale (CMB) avant le recueil des expectorations, par l’utilisation d’un bain de bouche antiseptique à base de la Chlorhexidine, sur les contaminations de cultures. Pour cette étude, chaque patient était son propre contrôle et a fourni à la fois les expectorations contrôles et expérimentales. Etonnamment, le taux de contamination de culture du groupe expérimental n’était pas diffèrent de celui du groupe contrôle (39% contre 41%, p=0,58). Toutefois, la mise en évidence de bactéries sporulantes, comme étant les contaminants résiduels majeurs au cours de cette étude, a fourni pour la première fois de solides arguments justifiants et permettants une meilleure compréhension de la source de contaminations. Ensuite, nous avons caractérisé les contaminants résiduels majeurs des cultures afin d’obtenir des informations qui permettront non seulement de mieux comprendre et de connaitre l’origine probable des contaminations, mais aussi et surtout de proposer des solutions aux problèmes de contamination des cultures. Les techniques d’identification API 50CH/B et le MALDI-TOF MS utilisées ont montré que ces contaminants appartenaient aux genres Bacillus, Paenibacillus, Brevibacillus et Lysinibacillus et comprenaient huit espèces dont les plus importantes étaient B. cereus (30%) et B. licheniformis (21%). Cette identification a permis de mettre en exergue des similarités avec des isolats identifiés dans d’autres domaines d’étude comme la microbiologie alimentaire. La première était en lien avec les bactéries couramment isolées dans les aliments traditionnels fermentés, suggérant au moins en partie un lien avec l’alimentation. La deuxième l’était avec les bactéries régulièrement incriminées dans les intoxications alimentaires et les infections pulmonaires exhortant à la prudence quant au rôle éventuel d’agents infectieux que joueraient également ces contaminants. Dans un dernier temps, la mise en évidence de ces contaminants majeurs a permis d’orienter nos recherches sur l’évaluation de l’efficacité d’un milieu sélectif à base de VCNT sur la réduction des contaminations. Cette étude a montré que le milieu sélectif à base de VCNT à 10% de vancomycine pourrait être une méthode alternative et/ou complémentaire permettant de réduire les contaminations de cultures par les bactéries sporulantes en attendant le développement de méthodes plus efficaces axées sur l’élimination de leur talon d’Achille que sont les formes végétatives des bactéries. En conclusion, les travaux réalisés au cours de cette thèse ont contribué à une meilleure compréhension de la séculaire problématique des contaminations et ont permis d’améliorer la qualité du diagnostic de la tuberculose pulmonaire par l’utilisation de milieu sélectif de LJ à base de VCNT. Enfin, ces travaux nous obligent à amorcer un changement de paradigme dans la recherche de nouvelles stratégies de décontamination.