Diversité des virus à ARN Contaminant les Palourdes de la Sanaga Galatea paradoxa (Born, 1778)

Abstract

De nombreuses pandémies récentes ont été reconnues comme des maladies virales. Si leurs origines restent souvent méconnues, l'environnement semble jouer un rôle important dans leur émergence. Ainsi, connaître la diversité des virus présents dans des échantillons alimentaires issus de l’environnement peut aider à comprendre les mécanismes d’émergence et de transmission des agents viraux. Ce travail décrit l’évaluation de la qualité virologique des palourdes de la Sanaga et la diversité des virus à ARN qu’elles hébergent et qui constituent les principaux virus pathogènes transmis par les aliments. Des palourdes collectées entre février 2018 et février 2020 à Bolounga et Moulongo ont été testées par RT-qPCR pour la présence des norovirus (NoV) et du virus de l’hépatite A (VHA). Les régions codant la polymérase et la protéine de la capside des NoV, ainsi que la jonction VP1/2A du VHA ont été amplifiées, séquencées et génotypées à l’aide de l’outil Norovirus Typing Tool 2.0. Des échantillons sélectionnés ont été analysés par une approche métagénomique. Les étapes de préparation des librairies d’ADN comprenant une capture (VirCapSeq-VERT) des séquences d’intérêt, et de traitement bio-informatique comprenant l'élimination des séquences d’origine bactérienne et de l’hôte, ainsi qu’une déduplication avant l'assemblage de novo ont permis de cibler les virus à ARN des vertébrés. Il ressort que 80% des échantillons étaient contaminés par au moins un des virus, avec les NoV présents dans 69% des échantillons contre 36% pour le VHA. Nous avons observé une prévalence globale supérieure à Moulongo (87%) par rapport à Bolounga (72%). Les NoV appartenaient aux génotypes GI.1, GII.3, GII.4 et GII.6 infectant les humains et précédemment impliqués dans des épisodes de gastroentérites. Le VHA était proche du génotype V infectant les simiens. L’analyse de la diversité a révélé que la fraction virale représentait 1,1 à 7,5% des reads, dont 68 à 87 % sont restés non attribués. Les séquences appartenant aux Astroviridae (16) étaient les plus abondants, avec des génomes presque complets. Les séquences de Picobirnaviridae (14) étaient liées à des souches infectant les chauves-souris, les humains et d'autres hôtes. Les séquences d'Hepeviridae (04) étaient similaires à celles des souches détectées dans les éponges et aussi dans le porc. La plupart des séquences de Caliciviridae (08) et de Picornaviridae (11) étaient similaires à celles des souches infectant les chauves-souris, avec quelques-unes proches des NoV humains, du picornavirus ou du VHA appartenant au génotype V simien. Malgré le besoin d'améliorer la sensibilité de la méthode utilisée, cette étude a permis de décrire une grande diversité de séquences de virus à ARN humains et animaux présents dans les palourdes de la Sanaga. Ce qui met en évidence les risques sanitaires en couru par les consommateurs en l’absence d’un traitement adéquat.