Epidémiologie et profil génomique des isolats bactériens impliqués dans les infections des voies urinaires de certains patients du Centre Hospitalier Régional de Daloa : Exploration de leurs gènes de résistance et de virulence.

Abstract

Les infections des voies urinaires (IVU) sont un problème majeur de santé publique, affectant environ 405 millions de personnes et causant 0,23 million de décès annuellement dans le monde. Cependant, l’incidence de ces infections en Côte d'Ivoire reste peu documentée. Dans un contexte où les IVU sont endémiques et les diagnostics précis sont difficiles, cette étude rétrospective et observationnelle, réalisée de janvier 2019 à décembre 2022 à Daloa, vise à évaluer la Prévalence des IVU et à contribuer à la surveillance épidémiologique. Utilisant des données épidémiologiques issues des registres de routine du Laboratoire de Bactériologie-Virologie du CHR de Daloa, cette recherche intègre les techniques de séquençage de Sanger et de nouvelle génération et des analyses bioinformatiques pour l’identification des isolats et la prospections des génomes. Le taux de suspicion des IVU était 30,30 % et la majorité des personnes suspectées avait l’âge compris entre 20 et 30 ans. L’incidence globale des IVU était de 13,75 %, et les incidences annuelles varient entre 11,94 % et 17,22 %. Les IVU étaient majoritairement causées par Escherichia coli (72,60%). Les entérobactéries étaient plus sensibles à l’amikacine (11,2 %) et à l’imipénème (1,1 %). La prévalence des entérobactéries productrices de BLSE était de 15,08 % avec une prédominance de Escherichia coli (81,48 %). L’analyse des séquences des ADNr 16S a permis de mettre évidence le genre de 75 %, le genre et l’espèce de 17,85 % des isolats, mais n’a pas pu caractériser le genre ni l’espèce de 7,15 % des isolats bactériens. Par ailleurs, l’utilisation du NGS incluant les approches bio-informatiques a permis d’identifier 5 isolats et d’analyser leur contenu. Les isolats identifiés incluaient 3 souches de Priestia flexa, 1 de Enterobacter hormaechei et 1 de Staphylococcus saprophyticus. Ces souches identifiées développaient à la fois des résistances intrinsèques et acquises à l’exception de Priestia flexa 21LM07. Priestia flexa 21LM367 s’est avéré la souche la plus virulentes. La présence de plasmides, de phages, de cassettes d'intégrons en association avec des îlots de résistance a été enrégistrée. L’isolat 20LM111 appartenait au clone ST114.