Caractérisation morphologique et moléculaire d’une collection d’isolats de Fusarium oxysporum f.sp. vasinfectum et identification de marqueurs de résistance à la fusariose chez le cotonnier (Gossypium hirsutum L.) en Côte d’Ivoire .

Abstract

Le cotonnier est une plante tropicale cultivée pour ses fibres et ses graines, qui rencontre d’énormes contraintes liées aux agents phytopathogènes. L’un des facteurs limitant la production de coton en Côte d’Ivoire est la fusariose vasculaire. Cette thèse s’inscrit dans le but de contribuer à relever les défis auquel est confrontée la filière coton de Côte d’Ivoire, particulièrement de rechercher des alternatives plus efficaces pour le développement d’une agriculture durable en utilisant de nouveaux outils moléculaires d’étude de la variabilité génétique du Fusarium et de sélection variétale. Spécifiquement, il a été question de connaître la distribution de la fusariose et le pouvoir pathogène des souches de Fov en Côte d’Ivoire, d’évaluer la diversité et la structure génétique des isolats et d’identifier des marqueurs de résistances à la fusariose. Des prospections et des collectes de plants fusariés ont été effectuées dans tout le bassin cotonnier. Cette évaluation a montré une forte présence de la fusariose au Sud du bassin cotonnier. Le matériel fongique obtenu à partir des échantillons de cotonniers présentant des symptômes de la fusariose au champ a été utilisé pour le test d’inoculation en vue d’évaluer le niveau de virulence des vingt-quatre (24) isolats représentatif de notre collection. Ces 24 souches ont été soumises à des analyses au laboratoire et une diversité d’agressivité au sein de la population pathogène a été observée avec trois (3) classes de pathogénicité. De plus, La différenciation génétique des isolats de Fov du bassin cotonnier était faible. Trois groupes génétiques dans la population totale ont été obtenus. Quant au diagnostic racial, il a révélé la présence des deux formes de la race 4 de Fov parmi les isolats ivoiriens. Par ailleurs, la variété CI 128 a été identifiée comme génotype tolérant à la fusariose. Enfin, Le marqueur microsatellite BNL_3932 a été identifié comme potentiel marqueur associé à la résistance de la fusariose chez les variétés de cotonnier ivoirien avec un allèle (QTL) à la taille 254 pb.