Caractérisation moléculaire et phénotypique des bactéries symbiotiques et associatives isolées des nodules du pois bambara [Vigna subterranea (L.)Verdc.]

Abstract

Le pois bambara (Vigna subterraneaL.) est une légumineuse alimentaire indigène africaine très tolérante à la sècherèsse avec d’énormes potentialités dans la nutrition et la fertilisation des sols. Mais malheureusement elle est sous utilisée et a été négligée par les agriculteurs et les chercheurs. La présente étude a été entreprise pour identifier et sélectionner de potentielles bactéries autochtones efficaces adaptées aux conditions édapho-climatiques et capables d’améliorer la productivité du pois bambara. Les bactéries des sols de cinq localités de Daloa ont été piégées par cinq cultivars locaux du pois bambara et isolées des nodules sur le milieu YEM. Les isolats obtenus ont fait l’objet d’une analyse moléculaire basée sur le séquençage des gènes codant pour l’ARNr 16S. Les caractères physiologiques et symbiotiques des rhizobia identifiés ont été évalués.La capacité des souches à tolérer différents stress abiotiques (pH, température, salinité, engrais et pesticides), puis à solubiliser le phosphate, à produire l’AIA et les sidérophores, a été évaluée in vitro. Enfin, l’efficacité des meilleures souches par rapport aux engrais azotés de a été vérifiée.Les résultats ont montré que sur les 123 bactéries isolées des nodules du pois bambara, 60 présentant des différences morphologiques ont présenté une grande diversité génétique. Cette diversité a été mise en évidence par la présence de rhizobia (25 %) et d’endophytes (75%) qui ont été identifiés comme membres de 13 genres à savoir Rhizobium, Bradyrhizobium, Ensifer,Pseudomonas, Baccillus, Bacterium, Microbacterium, Curtobacterium, Rahnella, Paenibacillus, Mitsuaria, Lysobacter et Brevibacillus) inclus dans trois (3) phyla (Proteobacterie, Firmicutes et Actinobacerie). Par ailleurs, les données moléculaires ont été confirmées par la caractérisation physiologique et l’authentification des rhizobia révélant une grande diversité dans leur capacité infective et fixatrice d’azote.Ainsi, les souches RVC50,RVC38, RVC25, RVC13 et RVC28 se sont avérées plus efficientes. L’ensemble des souches ont exhibé in vitroune grande plasticité de tolérance au pH, à la salinité, à la température, aux engrais, aux insecticides et à Haloxyfop-R-méthyl. Toutefois, elles ont étés sensibles aux fongicides et au Glyphosate. Les souches ont montré dans l’ensemble de très bonnes capacités à solubiliser le phosphate, produire l’AIA et les sidérophores. Les plus efficaces ont amélioré la croissance et le rendement en gousses desplantes que les engrais. Ainsi, RVC13, RVC25, RVC38 et RVC45 RVC4, RVC29 et RVC41 ont généré de meilleurs rendements en gousses que les engrais chimiques.D’après les résultats obtenus, l’inoculation du pois bambara par les bactéries indigènes pourrait améliorer sa productivité et aider à vulgariser sa culture. Les souches RVC13, RVC29, RVC38 et RVC45 ont été identifiées comme des souches les plus prometteuses.