Identification moléculaire des espèces sauvages braconnées et des espèces pathogènes zoonotiques associées dans les régions du haut-sassandra et de la marahoué en cote d’ivoire.

Abstract

La faune sauvage consommée ou viande de brousse, est une source importante de protéines pour de nombreux ménages ruraux des zones tropicales d’Afrique. Toutefois, l’urbanisation, la commercialisation de la viande de brousse dans les grandes villes, la préférence gustative et la chasse illégale ont entraîné un impact négatif sur la faune sauvage en général et celle des mammifères en particulier avec de graves implications pour la conservation de la biodiversité. Outre le préjudice lié à l’exploitation anarchique et abusive de la faune sauvage, des problèmes de santé publique liés à la consommation de la viande de brousse subsistent. La possibilité d’identifier les produits de la faune ainsi que les pathogènes liés à ces produits de la faune dans le district du Sassandra-Marahoué, à partir d’outils de génétique moléculaire en référence à des bases de données génomiques mondiales est une innovation dans la quantification du danger que subit la faune mammalienne mais également les risques infectieux zoonotiques. Cette étude vise à (1) identifier les espèces de la faune cynégétique mammalienne présentes sur les marchés de viande de brousse et dans les restaurants par typage moléculaire, à (2) quantifier la perte de biodiversité liée au braconnage et à (3) estimer les risques sanitaires liés à la consommation de viande de brousse. La méthodologie utilisée a consisté à mener des enquêtes auprès des populations riveraines des sept localités visitées pour avoir une idée générale sur les espèces commercialisées et la création d’un réseau de viande de brousse. Des collectes d’échantillons ont été menées pour le typage moléculaire des spécimens de la viande de brousse et des pathogènes. Au terme de cette étude, 352 échantillons ont été collectés. Le typage moléculaire utilisant quatre marqueurs d’ADN a permis d’obtenir plus de 90 % de succès d’amplification avec les marqueurs COI et Cyt b, et aidé à identifier les espèces de spécimens boucanés ou découpés pour lesquels l’identification morphologique n’était plus possible. Dix-huit espèces de mammifères appartenant à huit ordres taxonomiques ont été identifiées. L'ordre des rongeurs est le plus largement représenté et Thryonomys swinderianus communément appelé agouti est l'espèce majoritaire. Les prélèvements de chasse sont non sélectifs et le fusil, l’outil de chasse le plus observé. L’étude du risque sanitaire à partir de l’analyse des échantillons de selles d’agouti a révélé la présence d’une diversité de parasites et de bactéries pathogènes pour l’homme chez ces animaux. L’espèce Trichuris trichiriura est l’espèce parasitaire la plus détectée au niveau des parasites intestinaux. Le profil bactérien obtenu est dominé par des espèces appartenant à la famille des entérobactéries notamment l’espèce Klebsiella pneumoniae qui est la plus prévalente dans les échantillons analysés. La présence d’agents pathogènes pour l’homme dans les selles des animaux sauvages montre un caractère zoonotique des infections parasitaires et bactériennes et le risque infectieux potentiel encouru par la consommation de la viande de brousse .