Fréquence de détection des bactéries et typage moléculaire des Haemophilus chez les patients souffrant d’infection des voies respiratoires à Yaoundé

Abstract

Les maladies respiratoires sont une cause majeure de morbidité et de mortalité dans le monde entier, l’Afrique étant l’un des continents le plus affecté. Les bactéries parmi lesquelles les Haemophilus constituent l’une des principales causes et peu d’informations sont disponibles en ce qui les concerne au Cameroun. L’objectif de cette étude consistait à détecter les bactéries chez les patients souffrant d’infections des voies respiratoires à Yaoundé, et de caractériser les isolats d’Haemophilus. Il s’agissait d’une étude prospective descriptive dans la ville de Yaoundé qui s’est déroulée de 2017 à 2018. Les échantillons cliniques prelevés chez les patients souffrant d’infection des voies respiratoires étaient soumis à la culture et une RT-PCR pour la recherche des bactéries respiratoires. Les isolats d’ Haemophilus ont été identifiés suivant une approche phénotypique, protéomique et génotypique, puis la détermination du type capsulaire, de l’antibiotype et de la diversité génétique. Les données ont été analysées à l'aide du logiciel SPSS avec un seuil de significativité fixé à < 5%. Au total, 440 participants ont été enrôlés dans cette étude. Les bactéries ont été détectées chez 68% (299/440) des patients et pouvaient être groupées en Gram négatif avec 47% (207/440), Gram positif avec 35,7% (157/440), atypiques avec 4,3% (19/440) et mycobactéries avec 8,6% (38/440). Les Haemophilus étaient les bactéries les plus détectées indépendamment des méthodes utilisées, suivies des pneumocoques, soit 21,6% et 10,9% respectivement par culture. La fréquence de détection bactérienne par culture était de 32% (141/440) contre 58,6% (258/440) par RT-PCR (p < 0,001). Les facteurs associés à la détection bactérienne étaient socio-démographiques et cliniques. L'identification des 95 isolats d'Haemophilus a révélé 76,8% d'Haemophilus influenzae, 14,7% d'Haemophilus haemolitycus et 6,3% d'Haemophilus parainfluenzae. Ces isolats étaient très divers sur le plan génétique. Des 73 isolats d'Haemophilus influenzae, 3 isolats capsulés (4,1%) ont été identifiés chez des patientes (de type b, e et f). La résistance des Haemophilus aux antibiotiques était dominée par celle aux sulfamides (99%) suivie de celle aux β-lactamines (55,3%). Les modifications moléculaires associées aux antibiotypes incluaient la modification de la cible (mutation) et la production d’enzymes. Les Haemophilus et les pneumocoques étaient les bactéries les plus détectées dans cette étude. L'outil moléculaire utilisé au cours de l'investigation a augmenté le rendement de la détection bactérienne. Les espèces d’Haemophilus circulant à Yaoundé sont variables et présentent une haute diversité génétique. La circulation d'Haemophilus influenzae de type b de nos jours demeure une menace pour la santé publique tout comme la résistance aux antibiotiques.