Phylogénie moléculaire et révision taxonomique des Termitomyces (Lyophyllaceae, Basidiomycota) d’Afrique tropicale et d’Asie basées sur les séquences nLSU et mtSSU de l’ADNr.

Abstract

Dans le but de contribuer à une meilleure connaissance de la diversité des Termitomyces, une révision taxonomique par le billet de la phylogénie moléculaire a été faite dans cette étude. Contrairement aux études antérieures de divers auteurs réalisées sur un nombre assez réduit de souches, cette étude en a porté sur un plus grand nombre de souches dans le monde, jusqu’ici non identifiées ou parfois mal identifiées et n’ayant jamais été étudiées phylogénétiquement. L’étude concerne 74 souches (conservées à la section mycologique (K(M)) du Jardin Botanique Royal de Kew au Royaume Uni, à la Section Cryptogamique du Muséum d’Histoire Naturelle de Paris (France) et au Laboratoire de Cryptogamie de l’Université de Yaoundé 1 au Cameroun) représentant 28 taxons. Les séquences obtenues ont été utilisées pour générer un phylogramme combiné nLSU-mtSSU par une analyse du maximum de vraisemblance utilisant le programme « Randomized Axelerated Maximum Likelihood » et le site internet du CIPRES. Le bootstrap a été fait avec 1000 réplicats. Les séquences nouvellement obtenues et les séquences disponibles dans « GenBank » ont été alignées manuellement avec le logiciel « Mesquite v.3.01 ». La congruence entre les deux marqueurs (nLSU et mtSSU) utilisés pour la série de donnés a été testée par l’usage d’un critère bootstrap réciproque de 70%. Ces deux marqueurs ont été combinés et analysés sur le site web du CIPRES utilisant la probabilité maximale avec le programme RAxML, 1000 pseudoréplicats, un modèle GTRCAT d’évolution moléculaire. L’analyse phylogénique a montré que la reclassification a été requise pour 12 taxons originellement mal identifiés sous divers noms. Les changements ont conduit à l’usage de 8 noms valides pour ces 12 taxons, comprenant deux nouvelles formes : T. striatus f. subclypeatus et T. medius f. ochraceus ; et une nouvelle combinaison : Termitomyces brunneopileatus selon leur position sur divers clades et sous-clades dans les phylogrammes. Termitomyces letestui et T. medius ont été taxonomiquement révisés. En outre, T. letestui récolté en Chine est le premier enregistrement du continent asiatique. Cette espèce était auparavant récoltée seulement en Afrique tropicale. Pareillement, T. robustus présent en Asie et dans certains autres pays africains, est signalé pour la première fois au Cameroun. De plus, l’analyse phylogénique confirme l’identification auparavant faite seulement sur la base des caractéristiques morphologiques de T. subumkowaan comme étant effectivement une nouvelle espèce. L’analyse phylogénique et les caractéristiques morphologiques combinées révèlent que des souches différentes du même taxon montrent quelques fois de grandes variations des caractéristiques macro- et micromorphologiques, très probablement liées à des facteurs génétiques différents des gènes séquencés ici, justifiant ainsi les nouvelles formes créées au sein de ces taxons afin de faciliter leur identification.2 Concernant l’étude des paramètres de croissance post-récolte du chapeau dont le but était de déterminer la température optimale, l’humidité de l’air et le temps maximal pendant lequel il continue de croitre après la récolte jusqu’à l’ouverture de son hyménophore, trois sporocarpes immatures (Y7, Y8, Y10) de Termitomyces schimperi ont été étudiés. L’expérience à consister à mesurer à des intervalles d’environ 6 heures la croissance en diamètre et la taille différentielle du diamètre du chapeau des trois réplicats en chambre humide, obscure, de température et d’humidité relative variant respectivement entre 23 et 24°C et 88 à 92%. Ces carpophores au début de l’expérience, montrent des bordures du chapeau encore fixées au stipe par le voile lors de la récolte. Au terme de la croissance post-récolte, le chapeau des sporocarpes donne accès à des lames et lamelles plus matures capables de produire la sporée et plus pertinentes pour des études taxonomiques et phylogéniques. Les chiffres obtenus à partir des trois équations (Y7 = 0,7 + 0,1x; Y8 = 1,98 + 0,225x; Y10 = -0,94 + 0,116x) de corrélation entre la croissance post-récolte du chapeau et le temps montrent divers modèles de croissance qui dépendent de la morphologie, la physiologie et du métabolisme de chacun des trois sporocarpes testés in vitro. L’expérience a également montré que la taille du stipe de T. schimperi demeure constante, seul le chapeau continue de croitre pendant environ un maximum de 36 heures après la récolte. Son diamètre augmente d’environ 3,23 cm à 10,08 cm. Cette expérience montre que durant les excursions mycologiques, même quand les sporocarpes de ces espèces sont trouvés à un stade immature sur le terrain, ils doivent également être récoltés pour étude. La croissance post-récolte du chapeau de nombreuses espèces pourrait donc être artificiellement déclenchée ou boostée en laboratoire afin d’une part d’obtenir des sporées importantes à divers titres, et d’autre part d’avoir accès à des lamelles plus matures absolument nécessaires pour des études ultérieures. Ces études sont particulièrement les descriptions macro- et microscopiques précédant l’identification. Les lamelles matures sont également le plus souvent la meilleure partie utilisée chez les champignons à lames pour l’extraction de l’ADN dans les études moléculaires. Ces études sur un plus grand nombre d’espèces dans le monde jusqu’ici non identifiées ou parfois mal identifiées et n’ayant jamais été étudiées phylogénétiquement, ont permi d’améliorer les connaissances sur la diversité des espèces de Termitomyces. Néanmoins, il dévrait se compléter par d’autres récoltes mais aussi s’intéresser à la sybiose entre ces champignons et les termites afin de pouvoir cultiver ces champignons en laboratoire afin d’assurer leur dissémination ou le transfert des technologies de production aux utilisateurs.