Caractérisation génétique des souches virales de la mosaïque et criblage de génotypes de manioc (Manihot esculenta Crantz) impliqués dans la résistance aux virus en Côte d’Ivoire.

Abstract

Dans la lutte contre la pauvreté et l’insécurité alimentaire, le manioc est une culture importante en Afrique en général et particulièrement en Côte d’Ivoire, qui rencontre d’énormes difficultés liées aux contraintes biotiques et abiotiques. La mosaïque est l’un des problèmes majeurs qui réduisent fortement les productions du manioc, à cause de l’augmentation et la dissémination rapide de ses virus pathogènes. Cette thèse s’inscrit dans la vision du développement durable avec pour objectif d’améliorer et de garantir une production durable au manioc en Côte d’Ivoire à partir de la lutte contre la mosaïque. Spécifiquement, il a été question de comprendre l’épidémiologie de la mosaïque du manioc, d’évaluer la diversité et la structuration génétique du manioc disponible et de cribler des génotypes de manioc résistants à cette virose. L’échantillonnage a comporté deux phases dont une enquête et des collectes d’échantillons de feuilles de manioc dans les départements de Bouaké, Yamoussoukro et Daloa. Ces feuilles ont été soumises à des analyses moléculaires au laboratoire suivant trois objectifs à savoir la détection des souches virales de mosaïque, le génotypage des variétés de manioc et l’identification des gènes de résistance à la mosaïque. Après leur détection, vingt-deux (22) séquences de la souche virale ACMV ont été séquencées. La prévalence globale de la mosaïque du manioc était de 43,65 % avec des niveaux de sévérité allant de 1 à 4. Sept (7) variantes ACMV issues des mécanismes de mutations génétiques ont été identifiées. Par ailleurs, la diversité génétique du manioc observée était faible chez les variétés améliorées avec une faible différenciation génétique alors et plus élevée chez les variétés traditionnelles avec une différenciation génétique modérée. Aussi, une phylogénie a révélé divers groupes génétiques chez les variétés traditionnelles dans les trois départements prospectés. Enfin, 32 génotypes de manioc traditionnels ont été définis comme étant résistants à la mosaïque et 24 autres comme étant hautement résistants. Ces génotypes pourraient être divulguées en vue d’augmenter la diversité génétique du manioc, moteur de la vigueur chez les plantes, et ainsi minimiser la croissance de la mosaïque en Côte d’Ivoire.